所有的愛情都一樣，不分男女，有美好，也有絕情和殘酷，以及不得不妥協的現實，正因為這些巨大的阻礙，反而成就了愛情的難得。《刻在》通過壓抑愛、克制愛、否認愛來展現愛的沉痛和不堪，卻也使得這份禁忌的愛情綿長如新，喚起每個人心底深藏的感歎。
電影分成了1987年與現在兩個時空，透過阿漢對神父在情感上的告解，片片斷斷回憶起這段感情的全貌，經歷了畢業後分離的三十年，轉回現在的時點，兩人再次相遇，為這段30年未竟的遺憾，留下一點溫度。
先是藉由日常光景來構築阿漢與Birdy的情感，從初次見面的凝望、夜裡相依而眠的核桃聲、MTV裡幽暗角落的親吻、深夜裡的街頭吶喊，放映室裡夢想的傾訴，彷彿間讓觀眾也忘記他們設身處地的時空背景，也回到了那個可以只有單純談愛、充滿幻想的年紀。
在面對各種對同性愛的排拒與暴力之下，Birdy早一步明白了兩人不可能的未來，試圖要拉開彼此的距離，但以為世界是繞著兩人而轉的阿漢，還陷在嫉妒與不安的惶恐中，他片尋不到解答，也得不到回應。在一場浴室戲裡，Birdy哭泣著給了阿漢一個吻，並用三個對不起，試圖終止兩人的關係，對不起阿漢所付出的感情、對不起這段感情僅能以一個吻回報，以及對不起，兩人必須保持距離。
愛到無可自拔的阿漢不能理解Birdy的用意，一次次地被Birdy推開之後，只想逃開這一切令他尷尬難堪的處境、逃離對Birdy的感情。在以為是世界頭的外島上，追上來的Birdy緊緊抱住失控的阿漢，也袒裎了彼此的情意，只是兩人心底明白，這個世界還不能包容兩個相愛的男孩，這段愛情走不到盡頭，只能走向分別的人生道路。
最後拉回到現在，一個思想緩慢解嚴，對同性愛的排拒逐漸減少的21世紀。異地的夜晚，無人的巷道，Birdy輕拍阿漢的肩膀，這三十年來的情感空白，在從未放棄彼此的兩人眼中，緩慢地銜接起來。感受到熟悉的聲音、碰觸、和溫度，再藉由愛的暗語─「晚安WAN-AN」，確定了愛還存在。並肩迎向日出的路上他們回頭，看到了過去的彼此，自在的拋著球、嬉鬧，唱著那段塵封的年少記憶與愛戀，而那個三十年來深刻在心底的名字，終於能夠應聲回頭。
上帝造人，賦予了兩種性別，但是祂並沒有規定，什麼樣的靈魂才能相愛。存在於同一性別中的愛情，一定是不對的嗎？被時代辜負的阿漢和Birdy，令人心酸卻也欣慰，雖然無法攜手走到最後，但早已活成心中最難忘的刻印。假使他們的愛情是發生在一個能夠得到充分尊重的社會，那麼這個故事會被怎樣的改寫，而他們又會是多麼幸福的一對？